@mauriciomandaglio hola,

En mi instalación previa de Deepin noté ese problema, sin embargo en estos días instale el sistema desde cero usando el .ISO de la 1003 y ya no tengo ese problema donde se congela el sistema después de tratar de abrir las aplicaciones Flatpak.

Sin embargo lo que si le puedo decir es que para evitar ese problema en mi instalación anterior yo abría las aplicaciones invocándolas desde la terminal usando el comando run del Flatpak especifico. Por ejemplo para abrir Gimp en lugar de abrir desde la interfaz gráfica yo abría la terminal y escribía:

flatpak run org.gimp.GIMP

Eso me permitía abrir las flatpaks sin que se congelara, sé que no es una solución y también es un poco inconveniente, pero es una alternativa alrededor del problema.

Es importante que reporte el problema a los desarrolladores de Deepin para que talvez den una solución a los que presentan ese problema. Parece ser que algo falla en el entorno de Flatpak después de alguna de las actualizaciones. 

También quizás al invocar los comandos debas hacerlo con sudo, no recuerdo si hacia una diferencia o no honestamente.

Saludos y suerte.

@mauriciomandaglio entonces pruebe con sudo hombre! de hecho creo que yo lo hacía con sudo. También recuerdo que tuve que agregar algo a Flatpak que estaba faltando con:

flatpak install org.gnome.Platform/x86_64/3.38

No sé si será su caso claro. ¿Se le congela con todas las aplicaciones Flatpak o solo algunas?

Suerte.